CSE格式基于科学编辑理事会（Council of Science Editors, CSE）编辑出版的Scientific Style and Format: The CSE Manual for Authors, Editors, and Publishers（《科学格式和规范：作者、编者和出版者的CSE格式指南》，最新的为第8版）。
一、文内引注
CSE提供三种文内引注系统：
⑴“引用−姓名”系统：在文末的参考文献列表中，依每位作者姓氏的首位字母顺序编号。在论文中，使用参考文献的编号来引用这些文献。也就是说，文内引用“1”表示依字母排序的第一个参考文献。
⑵“引用−顺序”系统：依每则参考文献在文章中被引用的顺序来编号文末的参考文献列表。在论文中，依参考文献列表的编号来引用这些文献。也就是说，文内引用“1”表示论文中第一个提到的参考文献。
⑶“姓名−年份”系统：在文末的参考文献列表中，依字母顺序排列参考数据。在论文中引用时，在括号里写出作者姓氏及出版年份。
前两种系统两个共同的规定，说明如下：
⑴在同一个句子里引用多笔资料
如果引用数字不连贯，则应在数字间加入逗号（前后无空格）。若连续的数字超过两个，则以连字符号将第一和最后的数字连接。例如：
For the non-dimorphic polistines such as Polistes, Ropalidia and others, the long-standing view is that differences in the quantity of nourishmentreceived during the larval stage act as a “nutritional switch” to bias development toward one caste or the other7,8,11-14.
⑵在不同句子中引用同一笔资料
编号完每一笔参考文献后，每次引用同一笔数据时都使用同一编号。例如：
Moreover, the use of ROMP is advantageous because it can yield polymers of well-defined length6. To synthesize the target polymers 8a and 8bwe employed the ruthenium initiator (H2IMes)(3-Br-py)2(Cl)2RudCHPh. Its rate of initiation relative to propagation affords polymers of well-defined**erage lengths6,8.
⑶在表格和图表中引用数据
图表中应避免使用上标数字，以免被误认为指数。在表格或图表中引用参考文献时可以用上标字母代替数字编号，如“a,b”，并在文末列表处依序列出。
另外，参考文献的引用编号应放在句末标点符号前。
第三种系统的规定说明如下：
按照CSE参考文献格式，“姓名–年份”系统除了在文内引用时须写出作者姓氏及出版年份外，还有以下规则：
⑴参考文献作者仅有一人。例如：
The rapid discovery of the unique mechanisms underlying crown gall disease demonstrated how quickly an area could advance given significant investmentand competition (Zambryski 1988).
⑵参考文献作者有两人。例如：
Initial infection of tubers by H. solani occurs in the field either from the seed tuber (Jellis and Taylor 1977) or soil (Merida and Loria1994).
⑶参考文献作者有三人或以上。例如：
For example, terrestrial carbon can play a central role in supporting lake food webs (Pace et al. 2004), while the problem of aquatic ecosystemeutrophication is driven by urban and agricultural land use that contributes nutrients to downstream aquatic systems (Carpenter et al. 1998).
此外，请注意以下几点：
●引用时，作者及年份的书写位置应尽量靠近其所支持的信息。不见得每一次都是在句子结尾，也有可能在句子中间。
●引用时，如果已经在句中提到作者姓名，则不需在括号中重复作者姓名。
二、参考文献列表
参考文献列表的目的是帮助读者快速、清楚地找到每个编号所代表的参考文献。CSE系统统一规定了该提供的书目信息，以增加阅读的容易度及可预期性。
⑴参考文献列表的标题
Reference list是CSE对文末参考文献列表的通称。写作时，您应使用更正式的标题，如：References 或 Cited References。
如果参照了某些参考文献，但并未在文中引用，请将这些文献依作者姓氏字母顺序排列，放在Additional References标题下。
⑵编排文末参考文献
●作者的名字应为缩写，并放在姓氏后面，姓、名之间没有逗号或其他标点符号相隔。例如：
Otegui MS, Kiessling LL, Batzli J.
●依作者姓氏的字母顺序排列参考文献列表。若引用了同一作者的多篇文献，则应按年份顺序排列。例如：
Allen C, Bent A, Charkowski AO. 2009.
Bennett AB, Gratton C. 2012.
Bennett AB, Gratton C. 2013.
Gratton C, Vander Zanden MJ. 2009
●书名、文章标题机器副标题仅第一个字需要大写。例如：
The fat-soluble vitamins: handbook of lipid research 2.
●标题不需斜体，但是物种名称需斜体。例如：
In vitro and in vivo reconstitution of the cadherin-catenin-actin complex from Caenorhabditis elegans.
●为节省空间，期刊标题应依ISO 4的标准缩写；将重要的字缩短，删除不重要的字。例如：
Livestock Prod Sci.
Biochem Mol Biol Educ.
J Dairy Sci.
●引用期刊文章应附上出版年份及卷数，同时强烈建议写出期数。为节省空间，卷数及页数间不须加入空格。例如：
Annu Rev Phytopathol. 50:425-49.
Mol Plant Microbe Interact. 24(7):773-86.
●第三种系统中，用圆点把文末参考文献中的各个部分隔开。例如：
Simpson A, Burns M, Gumble B, Powers R, Simpson L. 1989. The Flying Hellfish: WWII liberators of art from Nazi Germany. Cypr. J 9(1):49-58.
●参考文献目录中的每一条目，如果超过一行的话，从第二行开始缩进。
进一步阅读：
●中译本《正确引用：引用格式快速指南 MLA APA 芝加哥 科技 学术及其他 第2版》（C. Lipson著，岳云强译，高等教育出版社2015年出版）第七章；
●https://www.scientificstyleandformat.org/Tools/SSF-Citation-Quick-Guide.html。
CSE格式详细的介绍可参看美国***州立大学图书馆（Library of Washington State University）网站的“CSE Quick Citation Guide”栏目（网址：https://libguides.libraries.wsu.edu/csecitation）。